Det borde ju inte vara omöjligt. Har du provat att dela (demux) strömmarna och sätta ihop den var för sig och sedan multiplex om dem?
Grejen är väl att GOPen ska vara öppen och inte sluten. Det finns ju program för att demuxa filer, men frågan är om det finns för att öppna slutna GOPar..?
Jag har lyckats joina MPEG´s i Quicktime -- men jag tror att jag valde öppna GOPar då. Kommer tyvärr inte ihåg.