Layers > Layer style > Blending mode > Darken gör nog också det du vill.
Med din lösning är det kanske snäppet bättre att i stället för att skapa ett nytt lager, invertera markering och fylla med svart, så raderar man markerat innehåll (med Delete-knappen) i lagret med själva teckningen. Verkar ge samma resultat men funkar även för flerfärgsteckningar och är enklare.