Frågorna har väl i princip redan besvarats, men jag vill nog lägga till lite:
Det har egentligen inte med saken att göra att du redan betalt ett antal fakturor och att det skulle på nåt sätt vara att du därigenom accepterat avgiften. I själva verket så har byggaren ingått ett avtal med butiken vid varje enskilt inköpstillfälle. Om han inte hört sig för om eventuella avgifter, så får han "stå risken" som det heter. Det är alltså hans eget fel att han inte kollat - inte butikens. I synnerhet när det gäller avtal (som ett inköp är) mellan näringsidkare (han representerar ju er).
Nu rör det sig ju inte om särskilt stora pengar, så det är kanske ingen idé att driva detta vidare. Men annars handlar det i så fall om att byggaren kanske handlade utanför sin behörighet och befogenhet. Hade ni gett honom rätt att köpa på det sättet?
I så fall: Hur visade han det för butiken? Eller godtog bara hans ord på att ni skulle betala utan att kräva en fullmakt eller ens ringa och kolla?
Om butiken bara accepterat byggarens ord, och att han agerat utanför sin befogenhet/behörighet, så kan ni faktiskt hävda att dom bär ansvaret.
Men, som sagt, eftersom det är såpass små summor, så föreslår jag att du snackar med butiken och säger som det är: Ni vill inte betala en massa faktureringsavgifter, utan vill att dom antingen samlar ihop till en enda större faktura varje månad eller nåt, eller att dom helt slopar avgiften. Annars handlar ni någon annanstans....