Det framgår inte riktigt vad det är du försöker göra egentligen, kan du förtydliga dig lite? (Det skulle även hjälpa om du anger vilket kommando det är du har försökt använda.)
Vill du konvertera dina textdata från en teckenuppsättning till en annan? Det kan man inte göra för hela databasen på en gång, utan det får man ta kolumn för kolumn.
Det du kan göra på "databasnivå" är att sätta vilken teckenuppsättning som ska användas när nya textkolumner skapas. Det påverkar inte de data du redan har lagrat.
Du skriver även att "...svenska tecken blir bara skräp när jag skriver ut tabellen med php." Har du angett rätt teckenuppsättning i den HTML-sida där texten ska visas? Webbläsaren behöver den informationen för att rätt kunna tolka och visa text.