Eftersom det går att starta den från CD så går den säkert att rädda.
Du installerade nytt system på "andra partitionen" sade du. Av det sluter jag mej till att du har två partitioner. Men, försöker den verkligen starta från andra partitionen? Har du valt den som startskiva? Kommer båda partitionerna upp när du startar från CD? Varför inte kasta systemmappen på "första" partitionen och installera rent på den?
Har du kollat disken med ambulansen, Norton eller liknande? Felet kan vara korrupt filstruktur, och om du har det är det en sak som går före allt annat: backup!