Nej, biblioteket ska inte försvinna när du uppgraderar. Jag har uppgraderat flera gånger och inte haft nåt sånt problem, du fick nog en släng av Murphys lag, eller också var det nåt galet i inställningarna i ditt gamla iTunes.
Att ladda ner filen, eller köra den direkt har ingen betydelse. Skillnaden blir bara att kör du direkt så har du ingen installationsfil kvar efter slutförd installation. Smaksak.