Efter att ha undersökt saken lite mer ser jag nu att det inte är EyeTV som gör fel, utan QuickTime som läser fel. Om jag öppnar den exporterade .mpg-filen med VLC får jag hela filmen, men öppnar jag samma fil med QT är den 10 minuter kortare.
Jag har sett detta tidigare, varför är det så? Varför klarar inte QuickTime att läsa mpeg2-filer ordentligt?