Är du säker på att du inte menar så här:
<div id="wrapper">
<div id="marginleft">
Vänstra kolumnen.
</div>
<div id="marginright">
Högra kolumnen.
</div>
</div>
Lägg till
<div style="clear: both; line-height: 1px; font-size: 1px;"> </div>
innan sista </div> så ska det lösa sig.