Varje layout i FileMaker har en "visa poster från tabell"-parameter. Denna tabell kan vara en MySQL-tabell. Att gå till denna layout = hämta posterna från MySQL (inte alla, en sorts "pott" på ett 50-tal).
Vill du bygga det du beskriver ovan, vilket är fullt möjligt (jag har redan gjort det), behöver du bara räkna posterna i MySQL och jämföra dem med hur många det var förra gången, och låta det avgöra om det kommit nya ordrar, och sedan skriva ut dem och logga dem som utskrivna och lagra antalet ordrar nu inför nästa koll.
För att bygga en funktion som kollar regelbundet, tex var 10 minut, så behöver du någon plugin som kan schemaläggas att köra ett manus. Ett sådant (det finns flera), är Scriptfire http://www.dacons.net/fmplugins/scriptfire/
Lycka till!