Du har satt båda spalterna till procentuella bredder, samtidigt som du satt #content till 740px. Sätt fasta pixelbredder även på spalterna, och se till att bilden är tillräckligt smal för att passa i spalten inklusive marginaler och ramlinje. Just nu är bilden bredare än spalten vilket gör att den halkar ner under #sidebar i IE6.
I och med att du har en float på spalterna och marginaler under 20px på innehållet så får du problem med box-model-renderingen i IE6 också. Den avrundar marginaler i float-objekt uppåt till ca 17px om värdet är lägre. Kan också vara en orsak att det spökar. Gör felsökning genom att radera ett block-level element åt gången för att se vilken som tar för mycket plats. Börja överst och gå nedåt i hierarkien. Nollställ alla marginaler och sätt fasta breddvärden i pixlar med en kontrasterande bakgrundsfärg för att se hur mycket plats varje block tar.
Felsökning är inte kul, men man lär sig mycket på det.
Jag tycker också att du borde vara lite mer återhållsam med lagren. Nu har du en jädra massa lager som bara finns och inte används till något. Blir lätt rörigt i både kod och layout då. Du har till exemple tre som heter div#entry-8.entry, div.entry-content och div.entry-body. Där borde du kunna klara dig med den första om du vill ha länkar till varje artikel osv. Finns fler "onödiga" lager också. Bara ett tips.
Som ett svar på idén att använda tabeller för att positionera lagren så tycker jag inte alls att man ska göra det. Hela poängen går förlorad med att använda CSS (möjlighet att göra en ny/uppdterad form på befintlig kod) så fall inte i den fälllan.
Vet man bara hur webbläsarna beter sig, vilka buggar och styrkor de har och att man håller kod och CSS avskalad samtidigt som man planerar strukturen på sajten och formen innan man börjar så är det inga problem att få en sajt att fungera plattformsoberoende och se likadan ut överallt.