När det gäller mellanrummen mellan låtarna finns numera en inställning i iTunes för "gapless recording". Markera hela albumet, och välj Visa info. Nere till höger finns en kryssruta för "Album utan mellanrum" (eller motsvarande på engelska). Jag har inte testat den själv, men det borde fungera.
När det gäller rippningen skulle jag nog testa nån dator till (om du har möjlighet), och gärna olika program också. Svårt att säga vad det beror på dock. Skivorna är hela och rena i övrigt, antar jag?