en databas per sajt tycker jag. Men det beror ju lite på hur du bygger. Har en sådan lösning själv, funkar (mycket förenklat) så här:
En databas som hanterar åtkomst, uppgifter för respektive databas, val av domän, sökvägar, etc.
En databas med sådana saker som är (och alltid förväntas vara) gemensamma för alla sajter. Denna är ju bara nödvändig under vissa omständigheter, beror ju på projektets egenheter.
En databas per sajt - en del av dem ligger lokalt, andra remote.