jensm: Du kan hitta den ejectade disken med disk utilities och montera den igen därifrån. Alternativt så tror jag att knappen på din MyBook kan göra samma sak.
Det går utmärkt att stänga av spotlight-indexeringen (systeminställningar, spotlight). Jag har även haft problem med Time Machine men har du inte det utan det påslaget kommer Time Machine försöka skriva en gång i timmen till hårddisken också) så det kan också vara en orsak.
Annars kan jag inte komma på andra program som försöker jobba med externa disken "i bakgrunden", har du iTunes på (spelandes) och har filer placerade på den externa disken kommer de ju givetvis att väcka upp den. Men förutom den och liknande situationer så tror jag det skall vara lugnt. Min MyBook sover lugnt och fint nämligen...