Jag har länge gjort så här med stor framgång:
Database connection sätter jag (i t ex phpmyadmin) till utf8_unicode_ci
nya databaser till utf8_bin (liksom tabeller som automatiskt blir utf8_bin)
När jag ansluter kör jag:
$connect = mysql_connect("localhost", "username", "userpass") or die (mysql_error());
mysql_select_db("databasname");
mysql_query("SET NAMES utf8");
Den sista raden gör underverk. Med denna setup kan jag dessutom köra tabeller i andra textformat, t ex om jag importerar någon gammal ISO-latin-tabell så funkar översättningen till utf-8 perfekt.