Gammal tråd, men får väl bumpa den lite... Jag har alltså ungefär samma problem, dock inte regelbundet.
Kör 10.5.7 på en Mac Mini köpt i April.
Fönstret stängs, men Mail ligger kvar i menyraden och lampan i Dock lyser fortfarande. Det enda som fungerar är att tvångsavsluta. Detta kommer och går utan att jag hittat någon gemensam nämnare eller någon specifik aktivitet som utlöser det.
Någon nämnde Growl i en annan tråd, jag har alltså Growl installerat (programmet för ballongmeddelandena, inte growl mail alltså).
Får återkomma angående systemmeddelanden, tills dess - är det någon som kan ha en annan teori?