Först och främst: Det är mitt i natten, jag har inte jobbat med Phonicgrejjer och har bara tittat på en bild av mixern. Så du kommer säkert få bättre tips imorgon, men jag kan komma med lite tankar iaf...
1) Du kan inte har råkat tryckat ner "Assign to main" knappen (eller liknande) och på nåt sätt skicka lyssningen till "Main ut"? Kanske till och med genom inbyggda effekterna? Det skulle ju kunna förklara "spökeko"..?
(Nu hittade jag manualen också )
2) Ser att det finns en smygig trimkomtroll vid "Rec out", som enligt manualen "...also adjusts the final signal sent through the USB connector to the computer...". Det skulle ju helt klart kunna förklara ditt distproblem. (Såvida det inte är så enkelt som att gainen är i bott, medan levelratten är på ett minimum..? )
Hoppas det ordnar sig