Om det är i början av låten kan det bero på att Amplitude är dåligt skrivet och har skräpdata i ljudbufferten när pluggas börjar spelas, fast det verkar ju rätt osannolikt med en såpass välkänd plugg.
Men testa att öka bufferten till max och peta på inställningarna för ljud i Logic och se om det hjälper, kan hända att det är något där som spökar trots att processorn inte går i taket. Och plocka hem den senaste uppdateringen om du inte redan gjort det.
(Kul användarnamn för övrigt. )