Om jag får tillägga en sak till denna fråga så undrar jag ifall man kan välja att återskapa exempelvis bara några utvalda program och så, och inte "hela installationen" liksom. Så att man får ett fräscht system men med vissa program som man inte orkar hålla på och installera om.
Om du återställer datorn via installationsskiva och TM-backup så återställer du utifrån utvald backup-version som du har. Och då är det den backup-version med systemet som kommer att återinföras. Tror inte att du kan välja ut specifika program att ta med eller inte ta med.
Så länge du har alla program installerade som du önskar ha kvar och har gjort en TM-backup så är det ju lugnt.
Vill du sedan installera om själva systemet så att den blir "fräsch" och inkluderar de extra program som du lagt till, så kör du via installationsskivan och väljer Arkivera och installera. Då behålls alla program och sparade filer. Men själva OS X blir ominstallerat.