Glömde nämna i första inlägget att ikonen blev transparant när den blev gömd.
Det var ju det jag ville komma fram till hehe.
Hittade att det var programmet Docker som gjorde så att iTunes blev trasparant när man startade CoverSutra.
Så det går nog inte fixa om man vill ha transparanta ikoner på resten när dom blir gömd, om man inte kan göra något Apple-script då som inte lillåter iTunes att bli trasparant men sånt kan man inte så det spelar ingen roll.