För Time Machine går både USB och Firewire bra, jag använder själv USB. Det går alltså också bra att återställa systemet från en USB-hdd.
Däremot kan du som du säger, inte boota från en USB-disk (går väl bara på intel-macar?), men från en firewire kan du det. Kom ihåg att du inte kan boota från en time machine-hårddisk.