Det du behöver veta först är om du har mejlen på en
1. Exchange-server
2. POP
3. IMAP
Om du har ett POP-konto, innbär det att mejlen hämtas från mejl-servern till din dator, så att du enbart har de lokalt på din dator. Detta är gammalmodigt och bör undvikas om du vill köra parallellt med iPhone.
Du förstår problematiken. Om du öppnar "laddar ner" ett mejl till din iPhone så finns den bara där, men inte på din dator – och vice versa.
IMAP däremot har kvar dina mejl på mejlservern, och du kan använda dator, iPhone m.m. som verktyg för att se de mejl du har där, radera dem, sortera dem m.m.
Exchange är jag ingen expert på.