cp lär ju fungera, men jag vet inte om det klara av filer som det är fel på, tror dock inte att det avbryter kopieringen. Om du vet vilka filer det rör sig om kan du ju testa på en liten mapp innan du kör hela disken :D. Jag testade precis detta och det kopierar mappen jag står i till en mapp med namnet backup på skrivbordet.
mkdir ~/desktop/backup ; for i in * ; do cp -r "$i" ~/desktop/backup/"$i" ; done
När du startar upp terminalen står du ju i din hemkatalog så om du skulle köra detta direkt från start i terminalen skulle hela hemkatalogen kopieras till mappen backup på skrivbordet. För hela hårddisken kan du ju först köra cd /.
Vill du kopiera till en annan disk så får du byta ut sökvägen "~/desktop/backup" till "/volumes/måldisk/målmapp".
Obs, var noga så du skriver rätt och testa som sagt gärna först på en liten skräp mapp. Allt på eget ansvar :D.