För den som får samma problem som jag, d v s inte kunna updatera med felmeddelande om att man måste ha Aperture 3.0 trots att man har det.
Gå till Bibliotek -> Preferences och radera com.apple.AECT.plist, töm Papperskorgen.
Det funkade för mig i alla fall och jag behövde inte knacka in licensnumret på nytt.