Ta en titt på hur själva stereo-mixen du bouncat ser ut, kan ju hända att det klipper lite lite granna, då får du kanske sänka mastern lite. Jag använder själv Audacity för att analysera vågformerna.
Jag har varit med om samma fenomen i alla ljudprogram jag har provat, vare sig det varit Pro Tools eller Cubase, så har det varit precis samma problem som du stött på - förmodligen. Nämligen att det låter fint i programmet, även om stereo-mixen klipper lite, men låter skit när man fört ut materialet - då har det bara varit att sänka antingen ett visst instrument marginellt eller mastervolymen.