Jag är inte riktigt hundra på exakt hur du vill få slutresultatet, men du har ju alltid möjlighet att använda olika php-mallar för olika avdelningar på sajten. På det viset kan du även ha olika utseende genom att modifiera HTML och CSS:en mot de olika mallarna, alternativt länka in ytterligare CSS:er. Kolla även på body_class på Codex
Låt säga att du publicerar bloggen i sajten.se/blogg/ och nyheter i sajten.se/nyheter/ och vill ha olika struktur eller utseende på de olika avdelningarna. Då kan du ha en mall (förutom index.php) som heter category-blogg.php och en som heter category-nyheter.php som då visar respektive avdelnings sammanställning – oftast de tio senast publicerade artiklarna. Mer info på Codex.
För de enskilda artikelvisningarna måste du använda conditional tags i single.php för att separera olika categorys. Bäst då är att använda in_category('blogg') och in_category('nyheter') som då returnerar true för respektive artiklar. Mer info på Codex
Det borde fixa biffen.