Keynote har betydligt bättre grafikhantering jämfört med PP, så det kan nog vara ett svar. Är det när du exporterar direkt från de programmen, eller när du kör via Profcast? Jag skulle välja Keynote alla dagar oavsett.
I den mov som du länkar till ligger bilderna som stillbilder (png för att vara exakt) som växlas över tid. Du får alltså en film med 0,04 bilder per sekund. När den sedan görs om till m4v komprimeras stillbilderna och transformeras till h264 med en annan upplösning som ipod/iphone stödjer. Det är också en förstörande komprimering till skillnad från png som är en ickeförstörande.