Ja det kan ju bli lite trixigt. Har för mig att den rutan är ikryssad default för mig. Har två ideer du kan testa.
Importera alla bilder i ett nytt projekt och kryssa i att undvika dubletter. Sen deleta det projektet inkl masters.
Markera alla projekt och flytta masterfiler (finns i menyerna) till en ny mapp på NASen. Då borde alla masters du vill ha bort ligga kvar i gamla mappstrukturen - deleta.