Ett snabbt test i Oracle, DB2, MSSQL, Postgresql och Access säger att det funkar alldeles utmärkt att skriva så.
create table TESTVC (testup VARCHAR(20));
select testup from testvc;
testup
----------
01,01,01
01,02,03
01,02,01
04,04,04
select testup from testvc where testup like '%01%';
testup
----------
01,01,01
01,02,03
01,02,01
select testup from testvc where testup like '%04%';
testup
----------
04,04,04
Med andra ord är det rätt sannolikt att det funkar bra i mysql också. Det måste vara något annat som spökar.