Jo, det var den åtgärden som fixade det.
Appar följer inte med i en backup. Apparnas data följer nog med, men inte själva appen.
Så om apparna tidigare bara låg i den gamla telefonen, och inte i iTunes, så var detta orsaken till att de inte följde med till den nya telefonen. Men nu när du har synkat in apparna till iTunes, så får du också in dem i den nya telefonen.