Jag började med att logga in med ett lokalt adminkonto. Kopierade hemkatalogen (cp -R). Sedan bytte jag namn på den (motsv. det nya kontots namn). Därefter anslöt jag Mac'en till ny domän, körde chown -R och slutligen loggade jag in med det nya kontot på aktuell domän. Allt funkar fint, utom just den här synkningen mot iTunes.
@mattiL - Vilken grupptillhörighet tror du skulle kunna lösa problemet?
*Edit: OS X 10.9.1, en och samma dator.