Enklast är nog att utgå från en modell där du inte blandar koden direkt med designen utan där du använder någon form av templatesystem och en backend, (googla på mvc frameworks eller dyl så får du upp massa matnyttigt).
Då kan du sköta uppdateringen av design på sidan med någon fin editor och hantera koden separat. Det finns många fina frameworks med färdiga implementationer mot databaser idag också beroende på vilken plattform du skall utveckla i.
Vilken ordning man arbetar i spelar väl inte så stor roll om man skall göra allt själv, annars är det ju bra att ha data att presentera innan man börjar med presentationen, dvs kanske börja med data sen funktion och sedan tänka på design.
Men om man är helt novis är det nog lättast att börja använda ett befintligt system som klarar allt det där som man successivt kan lära sig scripta in saker i?
Bara lite tankar och generellt, jag vet inte vad som är rätt och fel det var några år sedan jag sysslade med webprogrammering professionellt och mycket har hänt sedan dess.