Det stora problemet med Apple/iTunes/iOS är sättet man låser en enhet tillen specifik dator!
Precis som du och andra här, så är detta beroende av det dåliga iTunes det jag mest ogillar med mina iOS-prylar (4 st för mig personligen, för att inte räkna resten av famijlens). Detta är betydligt smidigare och enklare att hantera filer i mina prylar som kör OS X, Windows eller Android.
Rent generellt så tycker jag dock att iOS är, för mig personligen, ett klart bättre system än Android (även om det finns andra fördelar med det också utöver enklare filöverföring).
Kanske för att är man lanserade iOS (lågt efter win/Mac OS) så vill man inte hamna i samma filträsk, här hade man chansen att göra något annorlunda och det gjorde man.
Jag håller med Apple på filsystemspunkten - det är en gammal kvarleva som vi inte ska låsa fast oss vid. Vi behöver data strukturerad mha metadata, inte mappar. Sen att iTunes.app är såpass illa utformat och kommunicerat till användare gör det hela till en dålig lösning.
Håller med dig till en stor del rent filosofiskt/utopiskt. Men i verkligheten med iTunes, där genomförandet och begränsningarna är så tydliga, så faller det platt rent praktiskt för mig.
Även problematiskt när man vill har appar som måste kopiera ochh dubbellagra foton, musik, och annan media för att de skall kunna redigera den. Skapar både problem med att systemet fylls upp snabbare, men även för mig som användare rent logistiskt när det gäller att hantera alla kopior/varianter av media på enheterna.