Eftersom datorn kom med Yosemite har du förmodligen inte "köpt" det och finner därför inte i App Store.
Du kommer åt Yosemite genom att starta Internet Recovery med knappkombinationen CMD+Option (ALT)+R
Då installeras Yosemite istället för El Capitan.
EDIT: Glöm inte att använda ALT också. CMD+R ger dig fel recovery!