Inställningarna för textersättning synkroniseras mellan alla enheter inloggade på samma iCloud-konto, kan det vara det som strulat i det fallet?
Annars - om det är ett generellt och återkommande fel - verkar det som att du tappar plist-filer som ersätts med nya med generella inställningar? Hur ser din setup ut i övrigt, har du t.ex systemet och användarmappen på olika hårddiskar?