Bara för tydlighetens skull. Du pratar om filsystemet APFS och då handlar det om macOS 10.13 High Sierra. Sierra (10.12) är föregångaren som släpptes i september 2016.
Har du en snurrdisk eller en SSD? Filsystemet på en snurrdisk konverteras inte till APFS vid installationen.
I övrigt, utan att ha någon erfarenhet av det hela, borde det vara ok att installera på en egen partition och att den (om den är på en SSD) konverteras till APFS utan att påverka andra partitioner. Det är ju så många betatestare gjorde. De hade sitt riktiga system på en partition och installerade betan av High Sierra på en annan.