Det funkar inte att köra Reset?
Annars kan du kanske prova med att ta bort ~/Library/Mail/LSMMap.
Jag har dock inte provat det, jag har inte ens den filen, min heter LSMMap2.
Har du mycke problem så kan du flytta hela Mail mappen och starta Mail.app, då får du nog helt fräsha inställningar. Brevlådorna kan man dra in senare.