apache körs ju ofta under en särskild användare/grupp, filerna måste då vara i samma grupp för att apache (och därmed php) ska kunna läsa/köra dom.
Vad är det för typ av filer som du inte vill att man ska kunna titta på "direkt"? om det handlar om inställnings filer etc, så vore det ju dumt att ha dom i klartext, utan antingen lägger du dom utan för din public_html/Sites katalog, eller "skyddar" en särskilt katalog med htpasswd.
Alternativt borde du ju kunna köra till med en mod_rewrite av typ följande:
RewriteCond ${HTTP_REFERER} !^http://(www\.)?mindomän\.com.*$
RewriteRule .*$ ^verboten.html
Skriver från minnet så ovanstående lär säkert inte funka, men principen är att om en referen är ifrån den egna domänen (dvs om den inte har kallats av någon annan fil) så hamnar man på verboten.html, ung. samma princip som vid "hotlink prevention", dvs om man vill förbjuda andra att direkt länka till tex. bilder etc.
Men igen, vad innehåller filerna du vill "skydda" ifrån att bli läst av annat än dina egna filer?