Nu vet jag inte exakt vad du menar, kör du DarwinOS utan Aqua osv på nån separat disk då eller? Annars kommer du ju åt darwin genom terminalen i OS X...
Anyway, det finns iaf ett kommando för byte av systemskiva, nämligen bless:
sudo /usr/sbin/bless -folder '/System/Library/CoreServices' -setOF
Det borde få den att boota till OS X. Om det är en annan disk du bootat från än OSX-disken kan du använda "-device"-flaggan för att få till det. bless-kommandots man-page ger dig mer info om hur kommandot fungerar.