Jag har exakt samma problem + plus att innan jag har startat om datorn helt efter att ha tömt cachen så är inga av min "extra typsnitt" aktiverade. Har varit på och trixat med Helvetica dubletterna och fått så att jag inte har några problem med att Safari, Mail, Proteus visas fel längre.
Har Microsoft office installerat (mot min vilja, då jag verkligen ogillar att de alltid byter ut fonterna) och jag slår vad om att de (MS) har med det hela att göra. Det har de alltid när det kommer till system-font strul.
Håller på att trilskas med det, så om det är någon annan som har löst det, hör av dig!