Då var det löst. Eller rättare sagt så har jag gjort en workaround.
Jag löste det genom att fånga tabellen (getElementById) sedan tabellens celler genom getElementsByTagName. Sedan kontrollerar jag om cellerna är av den "class" som skall manipuleras. Att tänka på här är att IE refererar till class via className och inte class. Följande linje löser detta.
var classes = objs[i].getAttribute('className') || objs[i].getAttribute('class');
Fast det hade ju varit mer behändigt om man kunde gruppera med <col>