Jag har gjort en liknande upptäckt. När jag utvecklar webprylar mot apachen så använder jag en PC och Homesite eftersom den editorn är den bästa. Där kan man arbeta direkt mot en server via FTP så jag slog på fildelningen och angav ett username utan några speciella rättigheter.
Men när jag på Macen kör en su root eller liknande och sedan kollar på FTP:n så har plötsligt min vanliga user tillgång till hela datorn. Loggar jag ur root på Macen och refreschar på PC:n så har jag normala rättigheter igen. Det är inte samma användare det handlar om heller utan två olika kontont jag använder.