Jag är själv rätt förtjust i Markdown eftersom det är fokuserat på enkelhet och bra struktur, men som en följd av det kan man inte åstadkomma precis allt med ren markdown-syntax. Behöver man göra lite mer avancerade saker måste man i stället infoga HTML (vilket är tillåtet i markdown). Gillar särskilt att man kan skapa länkar utan att behöva blanda in URL:er i texten - man kan i stället skapa en lista i slutet med alla URL:erna, lite som en källförteckning ungefär.
Textile är också bra... till skillnad från markdown kan man göra nästan vad som helst (tabeller, inlining av css, m.m.) men nackdelen är att den sortens "avancerad" formatering lätt urartar till en enda soppa. Föredrar hellre markdown-approachen med HTML i så fall.
