Att kommandot apt-get inte hittas beror på att dess sökväg inte inkluderats i variabeln $PATH. Detta löser du enklast genom att lägga in detta i din ~/.cshrc (eller t.ex. i /etc/csh.login om du vill att det ska gälla alla användare):
source /sw/bin/init.csh
När du gjort det, starta en ny kommandotolk eller öppna ett nytt terminalfönster. Kör "echo $PATH". Om några kataloger under "/sw" (/sw/bin, /sw/sbin, etc.) dyker upp i den resulterande raddan så ska problemet vara löst.
Det andra problemet brukar bero på att man inte kört apt-get med rootbehörighet (vilket man måste göra). Se därför till att köra apt-get via root-kontot, vilket du enklast gör genom att använda sudo (som Viklund tipsade om).