Vad jag själv gjorde senast för att göra liknande det du vill (indexera om saker på hårddisken) så lade jag först till det jag ville ha indexerat i Systeminställningar/Spotlight/Integritet, gick ur spotlightinställningarna, gick in i inställningarna igen och tog bort det jag just lagt till och Spotlight började vid nästa sökning indexera allt igen.
Prova det och se om det funkar för dig...