Inte så jättestor skillnad på 2.0:an och 2.3:an. Det är som du säger att du förlorar PCI-X platserna, men de är egentligen bara intressanta om du tänkt uppgradera med extra kort av typ SCSI, SATA el. dyl. Även vissa videoredigeringskort kräver det.
Det andra du "förlorar" är möjligheten till mer än 4GB RAM, men för de flesta räcker det gott och väl.
AGP-porten är densamma i båda maskinerna.
Rent pris/prestandamässigt är Dual 2.0:an mest prisvärda G5:an idag, ja, och jag rekommenderar dig varmt att sätta i snabbare grafikkort (Radeon X850/256MB) samt mer RAM (1GB eller mer).