Humma... jadu, en lösning, om än lite brutal, är att deinterlace:a allt material.
Alternativt transcodar du allt till en codec med Compressor eller Compression Master. Jag tror dessa ska fixa interlace-problematiken också.
Men som sagt har jag inte jobbat med olika codecs/interlaced video på länge, men förstår verkligen problematiken.