Ok, efter många långa timmar av frustration har jag kommit fram till följande:
1. För att det ska funka måste webbservern ha följande extra-config (för att den ska fatta vad en .ico är)
"AddType image/x-icon .ico"
2. .ico-windows-ikon i 16x16, 217 webbsäkra färger.
3. En ikon per domän, lägg den namngiven som "favicon.ico" i root-katalogen på domänen.
4. Det här funkar nu i Chimera (MacOS X) och IE (Windows), problemet är då att det inte funkar i Mozilla.
5. För att det ska funka i mozilla, skapar du en png eller gif i 16x16 i webbsäkra färger lägger du till i koden på de sidor du vill att den ska synas:
[*]
Fördelen är att den inte behöver ligga i rooten, man kan ha många olika ikoner per domän (men det funkar bara i Mozilla).
Så var det med det, hoppas att det kan vara till någon nytta. Jag är nöjd och glad att jag vet hur det funkar nu.