Har du kollat så typsnittet verkligen blir inbäddat i pdfen? Annars är risken att det ersätts med nåt standardteckensnitt i Acrobat. Iofs borde Acrobat hitta rätt typsnitt så länge du är på samma dator, men det är det enda jag kommer på.
Det skulle eventuellt också kunna vara så att texten förvandlas till RGB istället för 100k och skrivs därmed ut med alla färgerna i skrivaren, det borde ju kunna smeta till det. Borde finnas nån inställning för det, men jag har aldrig skrivit ut nåt från Filemaker, så kan inte hjälpa dig med det, tyvärr.