Hm, nu är det väl för sent, men jag undrar om du hade Safari påslaget under Inställningar > iCloud. Bokmärken synkas ju mellan enheter via icloud.
Om jag stänger av får jag frågan om vad jag vill göra med Safari-data på icloud som tidigare synkats med iphone. Väljer jag då radera och en omstart av Safari så blir det lika tomt som på din bild när jag sätter markören i adressfältet (favoriter är ju raderade). Däremot ingen konstig vit ruta i horisontalläge.
Får tillbaks favoriterna från icloud när jag slår på synken igen.