Jag råkade faktiskt ut för samma sak häromdan, dels att cover art saknades och även var mixad helt åt skogen.
En annan intressant sak var att inne under summeringsfliken på iPhonen i iTunes så visades det upptagna utrymmet i iPhonen som använt av av "other", tidigare uppdelat i musik, apps osv, nu var allt en stor orange massa och hette Other.
Så jag tog en backup på telefonen och körde en restore, återställde backupen och syncade över all musik, apps etc, och nu är problemet borta.
Helt klart underligt.
// Oscar